Hi ha microorganismes, com són els bacteris, que tenen molta rellevància dins de la nostra alimentació. No obstant, podem diferenciar els bacteris patògens que són els responsables de causar-nos malalties si ingerim aliments contaminats per ells, com el cas de Salmonella, dels bacteris beneficiosos, com per exemple els bacteris làctics, gràcies als quals obtenim la majoria dels anomenats aliments fermentats (formatge, vi o iogurt). A més, aquests bacteris presenten propietats beneficioses com és la producció de vitamines i podem utilitzar-los per obtindre aliments fortificats en aquests nutrients. A més, altre paper beneficiós dels bacteris làctics és el seu ús com a probiótics, els quals, al arribar a l’ intestí poden ajudar al nostre sistema immunitari i, a la vegada, protegir-nos de possibles bacteris perjudicials.